El proyecto GPAN es gestionado conjuntamente por el Servicio Nacional de Areas Naturales Protegidas por el Estado (SERNANP) y el Fondo Nacional para Áreas Naturales Protegidas por el Estado (PROFONANPE), con base en un acuerdo marco establecido entre ambas instituciones.

Cuenta con una Junta de Administración integrada por un representante del SERNANP, de PROFONANPE, de los Comités de Gestión de las ANP del ámbito del proyecto (en forma rotativa) y de la Cooperación Internacional. Esta Junta se reúne al menos dos veces por año para revisar el avance del proyecto y aprobar los planes de trabajo anuales y las auditorías.

Cuenta también con un Comité Consultivo integrado por los Jefes y los Presidentes de los Comités de Gestión de las ANP del ámbito del proyecto, que se reúne tres veces al año conjuntamente con el equipo técnico del GPAN e integrantes de la Intendencia de Áreas Naturales Protegidas. Sus funciones son las de coordinar la implementación del proyecto, discutir los planes anuales, evaluar periódicamente la marcha del proyecto y sus resultados y analizar las necesidades de ajuste en los procesos.

Esta instancia, que se ha ido convirtiendo en un foro de análisis de la gestión de las ANP, así como la participación del representante de los Comités de Gestión en la Junta de Administración, resultan altamente importantes dentro del enfoque de gestión participativa del proyecto mismo.

Complementariamente, el Proyecto cuenta con mecanismos de información regular de sus avances, resultados y análisis como esta página Web, el Boletín de Información Electrónica, el Boletín GPAN al día, el Boletín Gestión Participativa y el Boletín de Contratos de Administración que son elaborados y difundidos conjuntamente por los Comités de Gestión y las Jefaturas de las ANP.